Während des NS-Terrors
Schon 1933 hatten sich die österreichischen Verbindungen des CV von diesem abgespalten und einen eigenen (den "dritten") ÖCV gegründet. Als dann im März 1938 die Wehrmacht in Österreich einmarschierte, gehörten der ÖCV, seine Verbindungen und die CVer zu jener Bevölkerungsgruppe, die rasch und unbarmherzig verfolgt wurde. Die Verbindung selbst wurde behördlich aufgelöst.
Wichtige Gegenstände - wie Kartothek, Akten, Kasse, Wichsen und die Fahne wurden rechtzeitig aus der Bude geholt und versteckt; die neuen Machthaber beschlagnahmten umgehend die Bude. Rudolfina erhielt Jahrzehnte später als Opfer des Nationalsozialismus vom Versöhnungsfonds eine Entschädigung für die damals beschlagnahmten Mietrechte und die Einrichtungsgegenstände.
Einzelne Rudolfinen wurden auf die Bude geholt und dort unter Misshandlungen nach dem Verbleib einzelner Gegenstände befragt. Die Folter zeigte Wirkung, allerdings weniger bei den Gefolterten selbst als beim Verwahrer der Fahne, der sie letztlich bei der Polizei abgab. Die Fahne wurde jedoch nicht vernichtet, sondern kam in ein Depot, weil sie für ein Studentenmuseum (das auf der Wartburg eingerichtet werden sollte) bestimmt war. Während des Krieges fand sie dort zufällig Willibald Mayer (Am), der sie versteckt aus dem Depot fortschaffte und bei sich bis nach dem Krieg verwahrte.
Das 40. Stiftungsfest fand am 15.6.1938 als Landesvaterkneipe in der Wohnung des damaligen Schriftführers Rudolf Kirchmayer sen. statt; zwei Füchse wurden geburscht, 7 Burschen erneuerten ihren Burscheneid. Von großer Bedeutung ist der BC vom 12.11.1938, der im Gasthaus Tillinger stattfand, und an dem 13 Bundesbrüder (davon 5 AH.AH) teilnahmen. Der CC schlug sieben Bundesbrüder zur dimissio vor; von diesen wurden fünf dauerhaft und einer auf Zeit ausgeschlossen; ein Antrag wurde vertagt; am bekanntesten unter diesen waren Oswald Menghin und Theodor Veiter. Menghin war Professor für Urgeschichte und 1935/36 auch Rektor der Universität Wien; er gehörte dem Anschlusskabinett als Unterrichtsminister an und lebte nach dem 2. Weltkrieg in Südamerika.
Im Gasthaus Tillinger fanden im Weiteren die als Kegelabende getarnten Treffen der Bundesbrüder statt (der Wirt war der Schwiegervater eines Rudolfinen). Der Ausbruch des Zweiten Weltkriegs bereitete den Resten des Verbindungslebens ein Ende, da immer mehr Bundesbrüder zur Wehrmacht einrücken mussten. Bis Kriegsende wurden noch drei Bundesbrüder geburscht und weitere vier rezipiert (und teilweise geburscht).